与其他单细胞分离技术相比，单细胞分选仪对具有特定生物属性的细胞可以根据其荧光信号的强度来进行选择，其对特定类型的单细胞获取更准确。此外，液滴分析模式采用了32等份液滴分选模式，能够实现液滴的精确分析，可以准确判断相应液滴中目标细胞的数量，从而可以准确的完成单细胞的分离。

　　单细胞分选仪具有高速分析能力，可快速识别特定细胞，特别是对于低含量细胞的分离，分选速度快，可在短时间内完成多孔板的操作。另外，细胞分选仪可支持96孔和384孔板，对高通量需求的后期分析具有重要意义。

　　单细胞分选是应用微量吸液管分选细胞，微量吸液管的内孔径在50~80um间，小微移液管可达亚微米级，主要用于大分子的分选操作。在虚拟培养皿中，荧光细胞被标记为绿色球，细胞可通过微吸液管进行提取；控制台可通过物镜环固定在物镜上方，玻璃微吸管可固定在控制台的中心光轴处。

　　通过微量吸液管顶部的LED光照射时，光可通过微量吸液管直接被引入物镜中；通过手动调节弹簧旋钮，微量吸管可以上下移动到物镜焦点，培养皿可以水平移动，微量吸液管的上端通过柔性导管可连接到注射泵。

　　仪器通常配备多个激光器或多个光电倍增管，主要是用于收集和检测不同的荧光信号，可以同时检测样本中的多个参数；主要适用于研究免疫学、神经生物学、干细胞等。