由于细胞类群是异质的，即使是来源相同的单个细胞，也会由于一些原因彼此存在差异化，但细胞都是由遗传物质的载体，对于单个细胞间的基因组和转录组的差异化展现，单细胞测序就是观测单个细胞间基因组和转录组差异化的强大技术手段之一。

　　单细胞悬液制备仪对生物细胞的测序中，可以选择不同的读长、单端或双端测序；由于对样本检测目的不同，数据分析、策略和方法也不同。

　　单细胞测序通常可以分为DNA测序和RNA测序两大类。DNA测序主要是通过用高通量测序观察基因组DNA水平的各种变化，包括从染色体到Kb片段等的复制数量的扩大或缺失，以及点突变（SNP）、整合、重组等；RNA测序主要是通过观察MRNA转录组水平的变化，包括各类基因表达产物的剪接状况及其各种剪接体的相对比例和绝对数量等。

　　单细胞测序技术应用的流程大致包括；对单细胞的选取，可以在显微镜下手动操作单细胞的选择，也可使用自动分选仪器来进行选择；同时细胞裂解和DNA扩增，在细胞扩增之前，RNA测序应该有一个逆转录的过程；可以用各种方法来扩大生物细胞的建库，扩增产物的建库，建库步骤也可与之前的DNA扩展步骤相结合操作。

　　两种单细胞测序方法应用的主要区别在于；RNA测序在细胞裂解后，DNA扩增前增加了一个逆转录步骤，需先将mRNA转化为cDNA，后续再进行扩增、建库、测序等步骤。根据样本不同的应用目的，最后的数据分析步骤也不同的。