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单细胞测序样本制备仪基于Drop-seq技术*，完成高通量的单细胞mRNA 3端测序。 已经对数千个线粒体基因组进行了测序，但可用的线粒体转录组相对较

拟南芥(Arabidopsis thaliana)是植物分子生物学，遗传学和基因组学的长期建立的模式物种，并且拟南芥基因功能的研究为制定假设和设计涉及其他植物(包括经济上重要的物种)的实验提供

芜菁(Brassica rapa)是农业，生态，进化和转化研究的模式物种。

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转录组解释依赖于高质量的参考转录组，用于基因表达的准确定量以及遗传变体的功能分析。

用于确定基因组学和转录组学组成的下一代技术具有广泛的应用。Andrias davidianus，已成为中国濒临灭绝的两栖蝾螈物种。但是，缺乏分子信息。

在北极地区，白鲸(Delphinapterus leucas)是高等级捕食者，可能作为哨兵物种，可能预测对人类健康的影响。虽然血液转录组的基因表达谱已被广泛用于评估人类和兽医的健康状况和环境暴露